История НПО «СПЕКТРОН» началась в далёком 1989 году, когда группа специалистов во главе с ведущим отечественным разработчиком в области рентгеноспектрального анализа, доктором наук Климентом Владиславовичем Анисовичем организовала малое предприятие. Был разработан и запущен в серийное производство малогабаритный рентгеновский спектрометр «СПЕКТРОСКАН». В основу разработки было положено запатентованное изобретение К.В. Анисовича и А.В. Литинского – светосильная рентгенооптическая схема. Использование этой схемы позволило создать прибор размером с настольный системный блок компьютера, но по своим характеристикам почти не уступающий мощным отечественным и импортным аналогам.

Прибор оказался настолько удачным, а принципы, в него заложенные, настолько прогрессивными, что в современном модифицированном виде он выпускается до сих пор.

Компания развивалась, разрабатывались и выпускались новые приборы, создавалось программное обеспечение. Для решения аналитических задач заказчиков была создана лаборатория методик, которая занялась разработкой и аттестацией разнообразного методического обеспечения.

Пришло новое поколение специалистов, но на протяжении всей своей истории НПО «СПЕКТРОН» обеспечивал преемственность отечественной школы рентгеноспектрального анализа, точной механики и аналитической химии.

Вместе со всей страной НПО «СПЕКТРОН» пережило финансовые кризисы 1998 и 2008 года. Хотя было и нелегко, удалось сохранить костяк коллектива и направление развития в сторону создания новых наукоёмких и высокотехнологичных приборов.

В новом, 21 веке, был разработан и выведен на рынок новый анализатор серы «СПЕКТРОСКАН S». В нём была применена оригинальная запатентованная пробозагрузка. Из-за уникального сочетания высоких аналитических параметров, надёжности, удобства использования  и невысокой цены прибор быстро стал лидером на отечественном рынке оборудования для анализа серы, успешно «подвинув» зарубежных конкурентов.

В связи с развитием страны и экономики разрабатываются и выпускаются новые приборы, которые решают стоящие перед нашими клиентами новые задачи. В частности, в связи с внедрением новых стандартов содержания серы в бензине, в 2011 году был выпущен новый волновой анализатор серы в нефти и нефтепродуктах «СПЕКТРОСКАН SW-D3».

В настоящее время разработан и выпускается волнодисперсионный анализатор органического хлора в нефти «СПЕКТРОСКАН CLSW», а также анализатор серы и металлов (Pb, Fe, Mn) в автомобильном топливе «СПЕКТРОСКАН MSW».